在新電改9號文公布后，發改委和國家能源局又聯合下發了《關于改善電力運行調節促進清潔能源多發滿發的指導意見》(下稱《指導意見》)，其目的就在于配合落實新電改9號文有關要求促進清潔能源發展。
　　2006年1月1日可再生能源法正式實施，提出電網企業對可再生能源電力實行全額收購和優先調度，但實際執行過程中大打折扣。
　　此次指導意見從電力電量平衡、利益補償機制、需求側管理三方面提出25條措施保障清潔能源發展。
　　《指導意見》提出，各省(區、市)政府主管部門組織編制本地區年度電力電量平衡方案時，應采取措施落實可再生能源發電全額保障性收購制度，在保障電網安全穩定的前提下，全額安排可再生能源發電;在編制年度發電計劃時，優先預留水電、風電、光伏發電等清潔能源機組發電空間;鼓勵清潔能源發電參與市場，對于已通過直接交易等市場化方式確定的電量，可從發電計劃中扣除;各地新增用電需求原則上優先用于安排清潔能源發電和消納區外清潔能源，以及獎勵為保障清潔能源多發滿發而調峰的煤電機組發電，在制定跨省區送受電計劃時，優先安排清潔能源送出并明確送電比例等。
　　配額制是關鍵
　　不過，在孫航看來，對于風電、太陽能、生物質能等可再生能源而言，機遇中也面臨著挑戰———在輸配以外的經營性電價放開之后，可再生能源將不得不與水、火、核等較為成熟的傳統電力進行正面競爭。
　　“目前看來，上述可再生能源在成本及穩定性上還無法與水火電相比，鑒于當下中國電力市場處于過剩局面，可以預見未來的競爭將會更加激烈，這將成為清潔能源面臨的主要挑戰。”孫航認為。
　　中國可再生能源學會專家吳達成認為，可再生能源再次獲得政策支持，與以往不同的是本次納入到電改的框架內，并付諸部委文件，關鍵是落實可再生能源發電全額保障性收購制度。
　　事實上，此次《指導意見》也重申落實可再生能源發電全額保障性收購制度。目前，雖然國家版的可再生能源電力配額制尚未出爐，但近期內蒙古、湖北等省份已經出臺了該省配額制的相關文件。
　　近日，內蒙古自治區下發了《關于建立可再生能源保障性收購長效機制的指導意見》(以下簡稱《意見》)，明確2015年全區可再生能源上網電量占全社會用電量達到15%，到2020年達到20%。其中，2015年風電和光伏發電限電率分別控制在15%和6%以內。具體額度分配到發電企業和電網公司，完成情況將作為考核電網公司負責人的重要指標。
　　業內人士認為，作為首個省級可再生能源配額制，《指導意見》的出爐，對內蒙古電網、發電企業和政府都起到了強制性約束作用，并網這一最大難題將得以緩解，當地新能源產業尤其是風電、光伏將獲得極大利好。
　　廈門大學能源經濟協同創新中心主任林伯強認為，配額制以行政手段，要求發電企業和地方政府的可再生能源發電量必須達到一定的比例，這能夠促進各地發展可再生能源的積極性，也是解決可再生能源發電并網消納有效的辦法之一。
　　在林伯強看來，地方政府是可再生能源配額義務的承擔主體，從內蒙古、湖北等省公布的配額制文件來看，說明地方對于新能源并網消納的重視，這也符合新電改9號文的精神。預計隨后將有更多地省份公布配額制方案，這也是在國家配額制綱領穩健性做出的實施細則，意味著國家版的配額制將在近期出臺。
　　不過，在中國可再生能源學會光伏專委會副主任、國家發改委能源所研究員王斯成看來，要從根本上解決消納問題，仍需要加強統一規劃、優先調度，而且要加快跨區的通道建設。